漁電共生標榜「養殖為本，綠能加值」，但根據審計部最新報告指出，已查核的漁電共生案場中，近七成未落實養殖事實，形同有電無魚。漁電共生主要分布中南部沿海，不少縣市直言查核人力不足，加上查核指引一直變，「有心人士當然傾向種電優先養殖」。
審計部表示，截至二○二五年一月底止，各市縣已完工併網漁電共生案場三九三件，但僅查核一二二件，占比約百分之卅一，其中通過者卅七件，待改善及遭廢止案件八十五件，即未落實養殖者占查核案件數的百分之六十九點六七，主要是農業結合綠能設施未具養殖事實，與原核定養殖經營計畫不符。
審計部指出，現行法令對於查核漁電共生案場抽查頻率及改善期限等規範仍未臻完善，例如容許使用審查辦法第卅三條僅規定視實際需要抽查案場，未規範查核頻率，且規定的改善期限長達一年，該期間仍可持續發電收益，顯欠妥適，已函請行政院督促農業部改善。
農業部漁業署算法又不太一樣，漁業署表示，目前已營運案場計有二七六件，完成一七四件容許案件的查核，查核率約百分之六十三；查核結果，卅五件遭廢止，已經有養殖但經營情況需改善計五十七件，主要原因為現況與經營計畫書不符、無提供相關單據證明文件，其中養殖經營成效不佳，約卅九件，占比約百分之廿二，並非七成只發電不養殖。
立委謝龍介二○二三年間為時任總統候選人侯友宜輔選，就踢爆漁電共生變成「魚死電生」，殘害漁民，同年九月，南市府發布台南有九個案場未於期限內改善完成，已依法廢止漁電共生容許與執照，成為國內首例。
南市府指出，對養殖事實一向嚴格把關，建立完善查核機制，為加速查核，已採「委外專業查核加上跨局處聯合會勘」雙軌進行，查核聚焦在「四證據鏈」配置相符、投入為真、過程連貫、產出可驗。
嘉義縣政府農業處漁業科表示，目前嘉義縣就養殖事實已查核案場數逾四成，明年三月前可以完成所有案場查核工作。漁電共生案場養殖事實查核內容項目多且繁瑣，以縣府漁業科人力，每日查核案場數僅約一到兩場。
屏東縣政府海洋及漁業事務管理所指出，屏東縣漁電共生的案場約有四十多場，都是小型且在室內附屬綠能，查核指引一直在變，從二點○版，到三點○版，現今查核指引出到四點○版本，造成基層困擾，縣府下半年將自編經費展開查核。(聯合報 李柏澔、萬于甄、劉星君、李宗祐報導)
